中国生态学学会目前编辑出版《生态学报》、《应用生态学报》、《生态学杂志》等5种学术期刊，各刊发展态势良好。在提高期刊整体水平的同时，致力于发掘潜力，打造精品。
   2010年11月26日，中国科学技术信息研究所召开了“2009中国科技论文统计结果发布会”。据《2010年版•中国科技期刊引证报告（核心版）》，《生态学报》总被引频次11764次，在1964种科技期刊和61种生物学类期刊中均排名第1位；影响因子1.812，在1964种科技期刊排名第14位，在61种生物学类期刊中排名第1位；连续第9次获得“百种中国杰出学术期刊” 称号。3篇文章荣获“2009年中国百篇最具影响国内学术论文”。
   《应用生态学报》总被引频次9430次，在全国1964种科技期刊中排名第3位, 在61种生物学类期刊中排名第2位；影响因子1.733，在全国1964种科技期刊中排名第18位，在61种生物学类期刊中排名第3位；并再次荣获“百种中国杰出学术期刊”称号。
   《生态学杂志》总被引频次4048次，在全国1964种科技期刊中排名第46位，在61种生物学类期刊中排名第5位；影响因子1.396，在全国1964种科技期刊中排名第52位，在61种生物学类期刊中排名第5位。