为了促进国内外学术交流与合作搭建平台，积极发展微生物生态学新的研究方法与技术手段，拓展微生物生态学技术应用的领域和空间，全面提高我国微生物生态学的学术水平和地位，微生物生态专业委员会从2006年开始，坚持举办一年一次的年会，以及以年会为平台的国际研讨会。参会人员从最初国内的100余人发展为2018年来自中国、美国、加拿大、荷兰、日本、新加坡等国家的240多个单位的近1000人。微生物生态专委会在环境微生物，微生物生态及相关的科研工作者中具有广泛的影响力。

依靠专委会的成员，专委会积极组织小型专题研讨会、科普活动，把微生物生态的知识科普化，走进中小学，引起了广大中小学生的兴趣和关注。同时，专委会通过建立培训基地及开展技术培训等活动，培训了大量的微生物生态研究领域的科研工作者，带动各地的学科成长，推动了微生物生态事业在中国各地的蓬勃发展。

在国际合作方面，专委会积极参与国际和其他国家国微生物生态学会，众多专委会成员参加国际微生物生态会议，同时加强和其他国家如日本微生物生态学会的学术交流，显著提高了专委会的国际影响力。