由中国生态学会微生物生态专业委员会主办，中国科学院环境环境研究所、中国科学院城市环境与健康重点实验室承办，哈尔滨工业大学江苏哈宜环保研究院有限公司、百宜司元(北京)科技有限公司协办的中国生态学学会微生物生态专业委员会2016年年会于2016年10月27-29日在厦门举行。此次会议通过1个主题报告，15个大会报告，18个特邀报告和48个口头报告，重点围绕微生物生态学原理和应用方面的前沿与热点问题开展了热烈的学术研讨和交流。参加此次会议的代表来自国内100多个单位300余名代表汇聚一堂。

10月28日上午，在福建厦门杏林湾大酒店举行了开幕式。开幕式由中科院城市环境研究所于鑫研究员主持，微生物生态专业委员会主任、生态环境研究中心副主任杨敏研究员致欢迎辞。在10月28日上午和10月29日上午的大会报告中，美国俄克拉荷马大学环境基因组学研究所所长Jizhong Zhou教授作为特邀嘉宾，与中科院武汉病毒所/上海交通大学周宁一教授、华南理工大学林璋教授、中科院沈阳应用生态所张惠文研究员、浙江大学程磊教授、中科院生态环境研究中心张昱研究员、中科院城市环境研究所朱永官研究员、中科院生态环境研究中心王爱杰研究员、大连理工大学张耀斌教授、清华大学杨云峰教授、南开大学罗义教授、国家海洋局海洋三所邵宗泽研究员、香港大学张彤教授等知名学者围绕微生物生态学领域的最新进展做了精彩的大会报告。

在10月28日下午和10月29日下午分别结合三个议题：1、微生物生态学基础理论与方法；2、自然环境中的微生物生态学原理与过程；3、工程系统和废弃物资源化中的微生物生态学同时进行三个会场报告。来自中国科学院生态环境研究中心、清华大学、华东师范大学、中国科学院城市环境研究所、浙江大学、北京大学、哈尔滨工业大学、中国农业大学、厦门大学、中科院水生生物研究所等多个高校和研究院所的学者和学生展示了他们的研究成果。本次会议报告内容丰富，讨论热烈，与会学者普遍反映有所收获。

会议期间，还召开了中国生态学会微生物生态专业委员会理事会议，由主任杨敏研究员主持,初步确定2017年年会在北京召开，由清华大学环境学院承办。